ProtoMol - an object-oriented component based framework for Molecular Dynamics simulations.

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- a -

• aborting() : ProtoMol::Report
• addVelocityVirial() : ProtoMol
• allnodes() : ProtoMol::Report
• allnodesserial() : ProtoMol::Report
• allslavesserial() : ProtoMol::Report
• angularMomentum() : ProtoMol
• atomTypeToSymbolName() : ProtoMol

- b -

• build_angle_list() : ProtoMol
• buildCellLists() : ProtoMol
• buildExclusionTable() : ProtoMol
• buildISGTopology() : ProtoMol
• buildMolecularCenterOfMass() : ProtoMol
• buildMolecularMomentum() : ProtoMol
• buildMoleculeBondingLists() : ProtoMol
• buildMoleculeTable() : ProtoMol
• buildRattleShakeBondConstraintList() : ProtoMol
• buildTopology() : ProtoMol

- c -

• centerOfMass() : ProtoMol
• changeDirectory() : ProtoMol
• computeMolecularPressure() : ProtoMol
• computePhiDihedral() : ProtoMol
• computePhiDihedralEnergy() : ProtoMol
• computePressure() : ProtoMol
• convert() : ProtoMol

- d -

• dohint() : ProtoMol::Report
• donthint() : ProtoMol::Report
• dtor() : ProtoMol

- e -

• endr() : ProtoMol::Report
• equal() : ProtoMol
• equalBegin() : ProtoMol
• equalBeginNocase() : ProtoMol
• equalEnd() : ProtoMol
• equalEndNocase() : ProtoMol
• equalNocase() : ProtoMol
• equalStart() : ProtoMol
• equalStartNocase() : ProtoMol
• equalTerminate() : ProtoMol
• equalTerminateNocase() : ProtoMol
• equalWildcard() : ProtoMol
• error() : ProtoMol::Report

- f -

• fact() : ProtoMol
• fill_header() : ProtoMol::IMD
• findNextNeighbor() : ProtoMol

- g -

• general_rotation() : ProtoMol
• getAtomsBondedtoDihedral() : ProtoMol
• getBegin() : ProtoMol
• getEnd() : ProtoMol
• getLeftFill() : ProtoMol
• getRightFill() : ProtoMol
• getTimerSeed() : ProtoMol
• getUserName() : ProtoMol

- h -

• hint() : ProtoMol::Report

- i -

• imd_disconnect() : ProtoMol::IMD
• imd_go() : ProtoMol::IMD
• imd_handshake() : ProtoMol::IMD
• imd_htonl() : ProtoMol::IMD
• imd_kill() : ProtoMol::IMD
• imd_ntohl() : ProtoMol::IMD
• imd_pause() : ProtoMol::IMD
• imd_readn() : ProtoMol::IMD
• imd_recv_energies() : ProtoMol::IMD
• imd_recv_fcoords() : ProtoMol::IMD
• imd_recv_handshake() : ProtoMol::IMD
• imd_recv_header() : ProtoMol::IMD
• imd_recv_header_nolengthswap() : ProtoMol::IMD
• imd_recv_mdcomm() : ProtoMol::IMD
• imd_send_energies() : ProtoMol::IMD
• imd_send_fcoords() : ProtoMol::IMD
• imd_send_mdcomm() : ProtoMol::IMD
• imd_trate() : ProtoMol::IMD
• imd_writen() : ProtoMol::IMD
• inertiaMomentum() : ProtoMol
• isAccessible() : ProtoMol
• isBlank() : ProtoMol
• isblankchar() : ProtoMol
• isBool() : ProtoMol
• iSGregisterForceExemplars() : ProtoMol
• iSGregisterForceExemplarsBonded() : ProtoMol
• iSGregisterForceExemplarsCutoff() : ProtoMol
• iSGregisterForceExemplarsDispatch() : ProtoMol
• iSGregisterForceExemplarsFastElectrostatic() : ProtoMol
• iSGregisterForceExemplarsFull() : ProtoMol
• iSGregisterForceExemplarsIdealGas() : ProtoMol
• iSGregisterForceExemplarsSimpleFull() : ProtoMol
• iSGregisterOutputExemplars() : ProtoMol
• isInt() : ProtoMol
• isPrintable() : ProtoMol
• isprintablechar() : ProtoMol
• isReal() : ProtoMol
• isUInt() : ProtoMol
• isVector() : ProtoMol
• isVector3D() : ProtoMol

- k -

• kineticEnergy() : ProtoMol
• kineticEnergyForAtomType() : ProtoMol
• kineticEnergyForNonWater() : ProtoMol
• kineticEnergyForWater() : ProtoMol

- l -

• linearMomentum() : ProtoMol
• lowercase() : ProtoMol
• ltstrNocaseOp() : ProtoMol

- m -

• max() : ProtoMol
• mergeString() : ProtoMol
• min() : ProtoMol
• molecularCenterOfMass() : ProtoMol
• molecularKineticEnergy() : ProtoMol
• molecularMomentum() : ProtoMol
• mpiAbort() : ProtoMol
• mpiEndSerial() : ProtoMol
• mpiExit() : ProtoMol
• mpiStartSerial() : ProtoMol
• myerf() : ProtoMol

- n -

• norm() : ProtoMol
• normalizeString() : ProtoMol
• normVector3DOp() : ProtoMol

- o -

• openglToEPS() : ProtoMol
• openglToPGM() : ProtoMol
• openglToPlain() : ProtoMol
• openglToPPM() : ProtoMol
• operator *() : ProtoMol
• operator!=() : ProtoMol
• operator<() : ProtoMol
• operator<<() : ProtoMol, ProtoMol::Report, ProtoMol
• operator<=() : ProtoMol
• operator==() : ProtoMol
• operator>() : ProtoMol
• operator>=() : ProtoMol
• operator>>() : ProtoMol

- p -

• parseCommandLine() : ProtoMol
• plain() : ProtoMol::Report
• poly5() : ProtoMol
• power() : ProtoMol
• power< 0 >() : ProtoMol
• power< 1 >() : ProtoMol
• power<-1 >() : ProtoMol
• prefix() : ProtoMol::Constant::ParseCommandLine
• print() : ProtoMol::Constant
• PRINTINDENT() : ProtoMol::Constant
• PROTOMOL_HR() : ProtoMol::Constant
• protomolAbort() : ProtoMol
• protomolEndSerial() : ProtoMol
• protomolExit() : ProtoMol
• protomolStartSerial() : ProtoMol

- q -

• quit() : ProtoMol::Report

- r -

• randomGaussian() : ProtoMol
• randomGaussianNumber() : ProtoMol
• randomNumber() : ProtoMol
• randomVelocity() : ProtoMol
• realclear() : ProtoMol
• recoverable() : ProtoMol::Report
• reducedHessBond() : ProtoMol
• registerForceExemplars() : ProtoMol
• registerForceExemplarsBonded() : ProtoMol
• registerForceExemplarsCutoff() : ProtoMol
• registerForceExemplarsDispatch() : ProtoMol
• registerForceExemplarsFastElectrostatic() : ProtoMol
• registerForceExemplarsFull() : ProtoMol
• registerForceExemplarsOther() : ProtoMol
• registerForceExemplarsSimpleFull() : ProtoMol
• registerIntegratorExemplars() : ProtoMol
• registerOutputExemplars() : ProtoMol
• registerTopologyExemplars() : ProtoMol
• removeAngularMomentum() : ProtoMol
• removeBeginEndBlanks() : ProtoMol
• removeLinearMomentum() : ProtoMol
• rotateDihedral() : ProtoMol
• rtod() : ProtoMol

- s -

• set_angles() : ProtoMol
• setProtomolAbort() : ProtoMol
• setProtomolEndSerial() : ProtoMol
• setProtomolExit() : ProtoMol
• setProtomolStartSerial() : ProtoMol
• shift() : ProtoMol
• shrink() : ProtoMol
• sign() : ProtoMol
• sincos() : ProtoMol
• splitRangeArea() : ProtoMol
• splitRangeQuadratic() : ProtoMol
• splitString() : ProtoMol
• square() : ProtoMol
• swap4() : ProtoMol::IMD
• swap_header() : ProtoMol::IMD
• swapBytes() : ProtoMol

- t -

• temperature() : ProtoMol
• temperatureForAtomType() : ProtoMol
• temperatureForNonWater() : ProtoMol
• temperatureForWater() : ProtoMol
• toBool() : ProtoMol
• toInt() : ProtoMol
• toReal() : ProtoMol
• toString() : ProtoMol
• toStringGeneric() : ProtoMol
• toUInt() : ProtoMol
• toVector() : ProtoMol
• toVector3D() : ProtoMol

- u -

• uppercase() : ProtoMol

- v -

• velocityVirial() : ProtoMol
• vmdsock_accept() : ProtoMol::IMD
• vmdsock_bind() : ProtoMol::IMD
• vmdsock_connect() : ProtoMol::IMD
• vmdsock_create() : ProtoMol::IMD
• vmdsock_destroy() : ProtoMol::IMD
• vmdsock_init() : ProtoMol::IMD
• vmdsock_listen() : ProtoMol::IMD
• vmdsock_read() : ProtoMol::IMD
• vmdsock_selread() : ProtoMol::IMD
• vmdsock_selwrite() : ProtoMol::IMD
• vmdsock_write() : ProtoMol::IMD

- w -

• warning() : ProtoMol::Report

Last update: . GNU GENERAL PUBLIC LICENSE, copyrighted by the University of Notre Dame and the University of Bergen, Norway.