ProtoMol - an object-oriented component based framework for Molecular Dynamics simulations.

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- a -

ANGLE : ProtoMol::iSGPARReader, ProtoMol::PARReader, ProtoMol::ScalarStructure
ANGLE_DELTAMU : ProtoMol::ScalarStructure
ANGLE_NOTSET : ProtoMol::AngleInfo
ANGLE_POINTER : ProtoMol::AngleInfo
ANGLE_VALUE : ProtoMol::AngleInfo
array_dims : ProtoMol::Array< T, N >::RefArray< 1 >, ProtoMol::Array< T, N >::RefArray< N >, ProtoMol::Array< T, N >, ProtoMol::RefArray< T, 1 >, ProtoMol::RefArray< T, N >
ATOMCHARGE : ProtoMol::TRANSReader
ATOMTYPE : ProtoMol::TRANSReader

- b -

BERENDSEN : ProtoMol::ThermostatEnum
BERENDSEN_GLOBAL : ProtoMol::ThermostatEnum
BERENDSEN_IND : ProtoMol::ThermostatEnum
BERENDSEN_SHELL : ProtoMol::ThermostatEnum
BERENDSEN_ZERO : ProtoMol::ThermostatEnum
BOND : ProtoMol::iSGPARReader, ProtoMol::PARReader, ProtoMol::ScalarStructure
BOND_DELTAMU : ProtoMol::ScalarStructure
BOOL : ProtoMol::ValueEnum

- c -

CHARMM19 : ProtoMol::PAR, ProtoMol::iSGPAR
CHARMM28 : ProtoMol::PAR, ProtoMol::iSGPAR
COMMUNICATION : ProtoMol::TimerStatistic
COULOMB : ProtoMol::ScalarStructure
COULOMB_DELTAMU : ProtoMol::ScalarStructure
CQFLUCTUATION : ProtoMol::ScalarStructure

- d -

DCD : Format
DEFAULT__SIZE : ProtoMol::CoulombMultiGridDirectTableForce< TKernel >
DEFAULT_TABLE_SIZE : ProtoMol::iSGLennardJonesTableForce, ProtoMol::iSGCoulombEwaldRealTableForce, ProtoMol::LennardJonesTableForce, ProtoMol::CoulombEwaldRealTableForce
DELTATIME : ProtoMol::ScalarStructure
DIHEDRAL : ProtoMol::iSGPARReader, ProtoMol::PARReader, ProtoMol::ScalarStructure
DIHEDRAL_DELTAMU : ProtoMol::ScalarStructure
DONE : ProtoMol::Parallel
DYNAMIC : ProtoMol::ParallelEnum

- e -

EMPTY : ProtoMol::ConstraintValueEnum

- f -

- h -

HBOND : ProtoMol::iSGPARReader, ProtoMol::PARReader

- i -

IDEAL_GAS_DELTAMU : ProtoMol::TRANSReader
IDENTITIES : ProtoMol::TRANSReader
IDLE : ProtoMol::TimerStatistic
IMPROPER : ProtoMol::iSGPARReader, ProtoMol::PARReader, ProtoMol::ScalarStructure
IMPROPER_DELTAMU : ProtoMol::ScalarStructure
INT : ProtoMol::ValueEnum
INTEGRATOR : ProtoMol::ValueEnum, ProtoMol::TimerStatistic, ProtoMol::ScalarStructure
ISG : ProtoMol::XSCReader

- l -

L_ALT_LOC : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_ATOM_NAME : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_CHAIN_ID : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_CHARGE : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_ELEMENT_SYMBOL : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_FOOT_NOTE : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_I_CODE : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_OCCUP : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_RECORD_NAME : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_RES_NAME : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_RES_SEQ : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_SEG_ID : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_SERIAL : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_TEMP : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_X : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_Y : ProtoMol::PDB::PDBAtom
L_Z : ProtoMol::PDB::PDBAtom
LAST : ProtoMol::ExclusionEnum, ProtoMol::ParallelEnum, ProtoMol::ThermostatEnum, ProtoMol::InputPosVelEnum, ProtoMol::ValueEnum, ProtoMol::TimerStatistic, ProtoMol::ScalarStructure, ProtoMol::ConstraintValueEnum, ProtoMol::BSplineEnum
LASTREDUCE : ProtoMol::ScalarStructure
LENNARDJONES : ProtoMol::ScalarStructure
LENNARDJONES_DELTAMU : ProtoMol::ScalarStructure
LIMIT : ProtoMol::Vector3DBlock
LONG : ProtoMol::BSplineEnum

- m -

MASTER : ProtoMol::Parallel
MASTERSLAVE : ProtoMol::ParallelEnum
maxGDim : ProtoMol::EquilibriumMOLLYIntegrator
MOLVIRIALXX : ProtoMol::ScalarStructure
MOLVIRIALXY : ProtoMol::ScalarStructure
MOLVIRIALXZ : ProtoMol::ScalarStructure
MOLVIRIALYX : ProtoMol::ScalarStructure
MOLVIRIALYY : ProtoMol::ScalarStructure
MOLVIRIALYZ : ProtoMol::ScalarStructure
MOLVIRIALZX : ProtoMol::ScalarStructure
MOLVIRIALZY : ProtoMol::ScalarStructure
MOLVIRIALZZ : ProtoMol::ScalarStructure

- n -

NBFIX : ProtoMol::iSGPARReader, ProtoMol::PARReader
NEGATIVE : ProtoMol::ConstraintValueEnum
NOCONSTRAINTS : ProtoMol::ConstraintValueEnum
NONBONDED : ProtoMol::iSGPARReader, ProtoMol::PARReader
NONE : ProtoMol::ExclusionEnum
NOT_VISITED : ProtoMol::AngleInfo
NOTEMPTY : ProtoMol::ConstraintValueEnum
NOTNEGATIVE : ProtoMol::ConstraintValueEnum
NOTPOSITIVE : ProtoMol::ConstraintValueEnum
NOTZERO : ProtoMol::ConstraintValueEnum
NPT : ProtoMol::XSCReader
NVT : ProtoMol::ThermostatEnum
NVT_GLOBAL : ProtoMol::ThermostatEnum
NVT_IND : ProtoMol::ThermostatEnum
NVT_SHELL : ProtoMol::ThermostatEnum
NVT_ZERO : ProtoMol::ThermostatEnum
NVTLEAPFROG : ProtoMol::XSCReader

- o -

- p -

- r -

REAL : ProtoMol::ValueEnum
RUN : ProtoMol::TimerStatistic

- s -

S_ALT_LOC : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_ATOM_NAME : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_CHAIN_ID : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_CHARGE : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_ELEMENT_SYMBOL : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_FOOT_NOTE : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_I_CODE : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_OCCUP : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_RECORD_NAME : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_RES_NAME : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_RES_SEQ : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_SEG_ID : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_SERIAL : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_TEMP : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_X : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_Y : ProtoMol::PDB::PDBAtom
S_Z : ProtoMol::PDB::PDBAtom
SEQUENTIAL : ProtoMol::Parallel
SHADOW : ProtoMol::ScalarStructure
SHORT : ProtoMol::BSplineEnum
SLAVE : ProtoMol::Parallel
STAGES : ProtoMol::TRANSReader
STATIC : ProtoMol::ParallelEnum, ProtoMol::Parallel
STRING : ProtoMol::ValueEnum

- u -

- v -

VACUUM : ProtoMol::VacuumBoundaryConditions, ProtoMol::PeriodicBoundaryConditions
value : ProtoMol::ValueTraits< ValueType::Force >, ProtoMol::ValueTraits< ValueType::Integrator >, ProtoMol::ValueTraits< std::vector< Real > >, ProtoMol::ValueTraits< Vector3D >, ProtoMol::ValueTraits< bool >, ProtoMol::ValueTraits< Real >, ProtoMol::ValueTraits< unsigned int >, ProtoMol::ValueTraits< int >, ProtoMol::ValueTraits< std::string >, ProtoMol::ValueEnum::Enum2ValueType< e >, ProtoMol::Parameter, ProtoMol::ConstraintValueEnum::Enum2Type< e >
VECTOR : ProtoMol::ValueEnum
VECTOR3D : ProtoMol::ValueEnum
VIRIALXX : ProtoMol::ScalarStructure
VIRIALXY : ProtoMol::ScalarStructure
VIRIALXZ : ProtoMol::ScalarStructure
VIRIALYX : ProtoMol::ScalarStructure
VIRIALYY : ProtoMol::ScalarStructure
VIRIALYZ : ProtoMol::ScalarStructure
VIRIALZX : ProtoMol::ScalarStructure
VIRIALZY : ProtoMol::ScalarStructure
VIRIALZZ : ProtoMol::ScalarStructure
VISITED : ProtoMol::AngleInfo

- w -

WALL : ProtoMol::TimerStatistic

- x -

XFIG : Format
XYZ : ProtoMol::XYZ, Format, ProtoMol::InputPosVelEnum
XYZBIN : Format, ProtoMol::InputPosVelEnum
XYZTRA : Format

- z -

ZERO : ProtoMol::ConstraintValueEnum

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